用途：面向代谢组学研究、临床化学、生物标志物发现与代谢物鉴定，用于识别人体代谢物、读取其生物体液中浓度、疾病/生物标志物关联，并与 HMDB 参考 NMR/MS 谱图比对。
主要能力：HMDB v5.0 收录约 220,945 条代谢物条目，含约 8,600 条酶与转运蛋白序列，每条代谢物含 130 多个字段，涵盖结构、分子式、分子量、InChI、SMILES、临床浓度、通路、反应、定位、NMR/MS/MS 谱图及 KEGG、PubChem、MetaCyc、ChEBI、PDB、UniProt、GenBank 等外部链接。支持网页端文本检索（名称、同义词、HMDB ID、疾病、通路、标本类型）、ChemQuery 结构/子结构检索、分子量检索、SMILES/InChI 检索以及 LC-MS、GC-MS、NMR 谱图匹配。
使用方式：网页访问 https://www.hmdb.ca/ 。脚本 scripts/query_hmdb.py 按登录号获取并解析 XML（仅用标准库，输出 JSON）：python scripts/query_hmdb.py HMDB0000001，或 python scripts/query_hmdb.py 1（自动补零）。批量数据请从 https://www.hmdb.ca/downloads 下载 XML/SDF/FASTA/TXT/CSV/TSV。
限制：HMDB 无公开 REST API。截至 2026-09 全站（含 .xml 记录 URL）位于 Cloudflare 浏览器挑战后，脚本请求常返回 HTTP 403，仅适合受限网络下的单条查询，不可用于批处理；被拦截时应如实说明，不要凭记忆填写字段。替代方案：通过 PubChem 的 RegistryID 交叉引用（如 https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/compound/xref/RegistryID/HMDB0000001/cids/JSON）或 UniChem（sourceID 18）获取身份与结构，但浓度、生物标志物证据与谱图仍需 HMDB 本身。R/Bioconductor 的 hmdbQuery 已弃用并从当前版本移除。免费用于学术与非商业研究，商业使用需获得明确许可；使用时应引用 HMDB 文献，并注明所用版本。