用途：通过 gnomAD 的 GraphQL API 查询人群等位基因频率、变异后果注释和基因级约束指标，用于判断变异是否罕见、评估致病性，以及分析基因对功能缺失（LoF）变异的耐受性。
主要能力：按基因或具体变异查询频率（含各祖源人群分层频率）；获取基因约束评分（pLI、LOEUF、oe_lof、mis_z、syn_z 等）；查询结构变异（gnomAD-SV）与拷贝数变异；支持 gnomad_r4（GRCh38，默认推荐）、gnomad_r4_non_ukb、gnomad_r3、gnomad_r2_1（GRCh37）及 exac 等数据集。
使用方式：向 https://gnomad.broadinstitute.org/api 发送 GraphQL POST 请求。脚本可用 uv run scripts/query_gnomad.py variant 17-43094692-G-C --dataset gnomad_r4 或 uv run scripts/query_gnomad.py constraint BRCA1 --genome GRCh38 直接运行。也可通过浏览器 https://gnomad.broadinstitute.org/ 交互查询，或从 https://gnomad.broadinstitute.org/downloads 下载数据。
适用场景：变异致病性评估（如 ACMG 的 BA1/BS1/PM2 证据）、罕见病候选基因优先级排序、人群遗传学研究。
限制：未在 gnomAD 中出现的变异不代表一定致病；需区分外显子组与基因组数据覆盖差异；GraphQL 查询应加延迟并尽量批量；LOEUF 在 v4.1.1 采用贝叶斯框架并扩展至 chrX/chrY，数值与 v4.1 不同，需记录所用版本。临床意义分类、体细胞突变、变异后果预测、GWAS、组织表达等应使用其他专门技能。