用途:面向蛋白质糖基化(N-糖基化与O-糖基化)的分析与理性改造,适用于抗体工程、治疗性蛋白设计、疫苗抗原设计、生物类似药表征、药物靶点分析与蛋白稳定性研究。
主要能力:提供Python函数扫描N-糖基化序列子N-X-[S/T](X≠脯氨酸),返回1-based位置、motif、上下文与NXS/NXT类型,并生成汇总报告;支持通过Asn→Gln等替换消除糖基化位点,或引入新位点(同时确保X≠Pro、+2为S/T);提供基于局部S/T密度的O-糖基化热点启发式打分(可排除S/T后接Pro的情形),作为快速基线而非NetOGlyc替代。
外部工具与数据:NetOGlyc 4.0与NetNGlyc 1.0(DTU)用于高精度预测,无稳定公开REST API,建议网页提交FASTA并下载结果;GlycoShield-MD(GitLab)用于MD轨迹中糖链屏蔽分析,不在PyPI,需按仓库README安装;GlycoWorkbench用于糖链结构绘制与质谱注释;GlyGen API(api.glygen.org)可用GET请求获取蛋白与糖链记录,GlyConnect建议使用网页界面;UniCarbKB用于糖链结构浏览。
使用方式:先以NetNGlyc/NetOGlyc或内置序列子扫描做计算预测,再以质谱糖蛋白组学验证;抗体场景优先表征Fc N297糖基化。
限制:预测的序列子不一定实际被糖基化(受可及性、细胞类型、构象影响);O-糖基化热点为启发式,无严格共识motif;部分外部服务API不稳定或不可用;本技能不覆盖糖链化学信息学、质谱原始数据解析、糖蛋白3D结构预测与MD模拟设置。