用途：gget 是命令行生物信息学工具兼 Python 包，提供对 20 多个基因组数据库与分析方法的统一访问，可查询基因信息、序列分析、蛋白结构、表达数据和疾病关联。所有模块既可作为命令行工具，也可作为 Python 函数使用。项目主页已迁至 scverse 组织（github.com/scverse/gget），手册位于 pachterlab.github.io/gget。
主要能力：模块覆盖 ref（Ensembl 参考基因组）、search/info/seq（基因检索、元数据、序列）、blast（NCBI BLAST）、blat（UCSC）、muscle/diamond（本地比对）、pdb/alphafold（蛋白结构）、elm、archs4、cellxgene、enrichr、bgee、opentargets、cbio、cosmic、mutate、virus、g2p、gene_expression、psi_block、specificity、gpt 等。cbio 在 Python 中暴露为 gget.cbio_search() 与 gget.cbio_plot()。
使用方式：安装命令为 uv pip install --upgrade gget，建议在干净的虚拟环境中安装。命令行格式为 gget <module> [arguments] [options]，Python 为 gget.module(arguments, options)。常用参数包括 -o/--out 保存结果、-q/--quiet 抑制进度、-csv 返回 CSV（仅命令行）。命令行默认输出 JSON，Python 默认返回 DataFrame 或字典。alphafold、cellxgene、elm、gpt、cbio 等模块需先运行 gget setup <module>；alphafold 约需 4GB 参数并需先 uv pip install openmm。
适用场景：适合快速交互式查询（基因信息、BLAST、单个结构、单次富集）。批量处理或高级 BLAST 建议使用 biopython 技能；多数据库 Python 工作流建议使用 bioservices 技能。
限制与注意事项：数据库持续更新，结构可能变化，模块每两周自动测试并在必要时更新，应保持 gget 为最新版本。gget info 一次最多处理约 1000 个 Ensembl ID。cellxgene 中基因符号区分大小写（如 'PAX7' 与 'Pax7'）。建议用 --limit 限制大查询，用 -o/--out 保存结果以保证可复现。使用虚拟环境避免依赖冲突。官方文档见 https://pachterlab.github.io/gget/，问题反馈见 https://github.com/pachterlab/gget/issues。