用途：该技能用于以编程方式操作、注释和渲染系统发育树与层次树，面向系统发育基因组学与聚类分析。
主要能力：树操作（多格式 I/O、前序/后序/层序遍历、剪枝、定根、折叠、解除多分支、距离计算、Robinson-Foulds 树比较）；系统发育分析（比对关联、物种命名、基于 Species Overlap 或 reconciliation 的复制/物种形成事件检测、直系/旁系同源推断）；NCBI Taxonomy（本地缓存数据库、taxid 与名称互转、谱系获取、分类树构建与注释）；可视化（PNG/PDF/SVG 导出、矩形/环形布局、NodeStyle、Face 对象、交互式 GUI）；聚类分析（ClusterTree、数据矩阵关联、silhouette/Dunn 指标、热图）；树比较（原始与归一化 RF、分区/二分分析、批量成对距离矩阵）。
使用方式：核心模式为加载、编辑、保存，例如 from ete3 import Tree; tree = Tree("tree.nw", format=1); tree.prune([...], preserve_branch_length=True); tree.set_outgroup(tree.get_midpoint_outgroup()); tree.write(outfile="rooted_tree.nw")。类选择：通用拓扑用 Tree/TreeNode，基因树与进化分析用 PhyloTree，带数据矩阵的树状图用 ClusterTree，分类查询用 NCBITaxa。附带命令行脚本：scripts/tree_operations.py（统计、格式转换、重定根、剪枝、ASCII 视图，如 python scripts/tree_operations.py reroot tree.nw rooted.nw --midpoint）与 scripts/quick_visualize.py（快速 PDF/PNG 渲染，如 python scripts/quick_visualize.py tree.nw out.pdf --mode c --color-by-support）。
版本注意：示例基于 ete3 3.1.3，但 ete3 自 2023 年 5 月后无新版本，ete4（4.4.0，2025 年 9 月）为维护线，API 不兼容（如 Tree(open("t.nw"), parser=1)、tree.leaves()、node.props[...]、explore()）。写代码前应确认已安装版本（python -c "import ete4"），并在方法中说明目标版本。
适用场景：树文件解析与重格式化、剪枝定根、复制/物种形成检测、NCBI Taxonomy 查询、出版级树图绘制、树比较与聚类树状图分析。
限制：不适用于从未比对序列建树（改用 alterlab-phylogenetics）、比对距离矩阵与多样性指标（alterlab-scikit-bio）、Biopython 管线内树 I/O（alterlab-biopython）、非树网络图算法（alterlab-networkx）、扩增子读长分类（alterlab-qiime2-amplicon）。Qt 渲染需 PyQt5。安装与首次运行 NCBI Taxonomy 设置、故障排查详见其参考文档，本资料未提供具体安装命令与收费信息。