用途：通过 Ensembl REST API 访问 EMBL-EBI 维护的脊椎动物基因组数据，覆盖 250+ 物种，用于基因注释、序列、变异、调控信息与比较基因组学查询。经典 REST API 对应 release 116（2026-06-09 发布，GET /info/software 返回 {"release": 116}）。
主要能力：按符号或 Ensembl ID 查询基因信息、转录本与蛋白信息、坐标及外部数据库交叉引用；获取基因组、转录本（cDNA）与蛋白序列（JSON/FASTA/纯文本）；按 rsID 或坐标查询变异，并用 VEP 预测功能后果；查找直系同源与旁系同源基因、基因树；按区域检索基因、转录本与调控元件；在 GRCh37 与 GRCh38 等装配间转换坐标。
使用方式：可直接用 requests 调用 REST，也可选用 ensembl_rest 包（uv pip install 'ensembl_rest==0.3.4'，2023 年 10 月后未维护）。注意方法命名与路径常相反，如 GET /lookup/id/... 对应 lookup（非 lookup_id），GET /info/assembly/... 对应 assembly_info。直系同源需带物种段：GET /homology/id/:species/:id，旧路径 /homology/id/:id 返回 404，homology_ensemblgene() 亦失效。GRCh37 查询用 https://grch37.rest.ensembl.org。
限制：匿名用户限速 15 请求/秒，需处理 429 与 Retry-After；release 116 是经典平台最后一个版本，不再更新数据，新数据在 https://www.ensembl.org（GraphQL 与 GA4GH refget），长期流程需规划迁移。NCBI Gene、gnomAD、ClinVar、ENA 等场景应使用其他技能。
适用场景：基因注释流程、变异分析、跨物种比较分析，以及将 Ensembl 数据集成到基因组研究流程。官方文档见 https://rest.ensembl.org/documentation。