用途:在 DNAnexus 云平台上开发、部署与运行基因组学分析流程,适合构建应用/小应用、管理数据、执行作业与编排工作流。
主要能力分为五部分:一是应用开发,用 dx-app-wizard 生成骨架,编写 Python/Bash 应用入口,处理输入输出,用 dx build 或 dx build --app 部署测试;二是数据操作,上传下载文件、创建管理记录与元数据、按名称或属性搜索、跨项目克隆、管理文件夹与权限;三是作业执行,用 applet.run() 或 app.run() 启动作业,监控状态与日志,创建子作业并行处理,构建多步骤工作流并以输出引用衔接;四是 Python SDK(dxpy),操作 DXFile、DXRecord、DXApplet 等数据对象,调用高层函数或直接 API,创建对象间链接与引用;五是配置与依赖,编写 dxapp.json 定义输入输出与运行规格,用 execDepends 安装系统包,使用资产共享依赖并集成 Docker 容器,配置实例类型与超时。
必要用法:先安装并认证,命令为 uv pip install dxpy、dx login,可用 dx --version 与 dx whoami 验证。上传文件用 dxpy.upload_local_file(),下载用 dxpy.download_dxfile(),搜索用 dxpy.find_data_objects()(name 默认精确匹配,需通配符时传 name_mode="glob")。串联步骤时用 get_output_ref() 直接把上游作业输出作为下游输入。
适用场景:FASTQ、BAM、VCF 等生物信息文件处理,比对、变异检测、质控过滤、格式转换,多样本并行与多步骤流程,数据组织、备份与跨项目迁移。
限制与注意:不要硬编码 API 令牌,应通过 dx login 或 DX_SECURITY_CONTEXT 认证;谨慎选择实例类型并用 timeoutPolicy 限制失控成本。本技能不适用于 LatchBio 的 Latch SDK 工作流、nf-core/sarek 流程本身、DNAnexus 之外的 GPU/CPU 或 SLURM/HPC 任务、本地 BAM/VCF 处理以及 Benchling 记录管理,这些应改用对应技能。具体定价、配额与平台支持信息暂未提供。