用途:该技能面向 DepMap(Broad Institute 癌症依赖图谱)数据分析,用于靶点验证、癌症选择性依赖识别、生物标志物发现、合成致死筛选及共依赖性分析。
主要能力:解析并下载指定版本发布文件;加载基因效应矩阵与细胞系注释;按癌种筛选选择性依赖;比较突变型与野生型细胞系的基因依赖差异;计算基因间依赖谱相关性(共依赖性)。数据覆盖 CRISPR(Chronos)、RNAi(DEMETER2)、PRISM 化合物敏感性及组学文件。
访问方式:官方无稳定公开的基因级 REST API,门户含 Cloudflare 校验,脚本抓取受限。推荐流程为下载发布版 CSV 后本地用 pandas 分析。24Q4 及更早版本可经 Figshare 无密钥 API 获取(article ID:24Q4=27993248,24Q2=25880521,23Q4=24667905);分页默认每页 10 个文件,需设 page_size=1000。25Q2 及之后需从数据页手动下载。Sanger Project Score 提供无密钥 JSON:API(仅限非商业使用)。
关键用法:脚本 scripts/query_depmap.py 可列出文件与解析下载地址,例如: uv run --with requests python scripts/query_depmap.py --article 27993248 list uv run --with requests python scripts/query_depmap.py --article 27993248 url CRISPRGeneEffect.csv Chronos 阈值:≤−0.5 可能依赖,≤−1 强依赖。
限制与注意:无官方 REST API,抓取门户会被拦截;文件名与列名随版本变动(ModelID、OncotreePrimaryDisease 等),需核对表头;建议用 DepMap ID 而非名称标识细胞系;注意拷贝数效应、表达缺失及多重检验校正;不适用于患者肿瘤突变/生存、化合物纯靶点活性等场景。