用途：COBRApy 面向基于约束的代谢模型（COBRA）计算分析，适用于载入基因组尺度模型并用 FBA/pFBA 模拟生长、预测敲除表型与必需基因、用 FVA 或采样探索通量空间，以及构建、补缺和整饰模型。若需求是通路/反应注释、酶动力学参数、代谢网络图分析或代谢组学鉴定，则应改用其他工具。
主要能力：支持从 SBML/JSON/YAML 读写模型；访问反应、代谢物、基因及其上界/下界、GPR 与化学式；执行标准 FBA、pFBA、几何 FBA；进行标准、无环与指定反应列表的 FVA；单/双基因与反应敲除（双敲除可多进程）；查看与修改培养基并计算最小培养基；通量采样（chrr/optgp/achr）；产量包络（表型相平面）；缺口填充；以及从零构建模型（Model、Reaction、Metabolite、边界反应）。上下文管理器可临时修改目标、边界或敲除并在退出后自动还原。
使用方式：安装命令为 uv pip install cobra、uv pip install 'cobra[array]' 或 uv pip install 'cobra[chrr]'。load_model 仅识别三个内置别名："textbook"（E. coli 核心模型 e_coli_core）、"iJO1366"（E. coli 全基因组尺度）与 "salmonella"；其他标识会触发对 BiGG/BioModels 的远程查询，需联网且可能失败，自有模型应使用 read_sbml_model("path.xml") 等。
限制与注意：依赖 optlang 与求解器，GLPK 默认随 swiglpk 提供，CPLEX、Gurobi 为可选但更快；pandas 为硬依赖（版本 <3），绘图需 matplotlib/seaborn。通量采样与并行敲除使用多进程，在 Windows/macOS spawn 模式下需用 if name == "main": 保护脚本。gapfill 需自行准备通用反应集合，没有 load_model("universal")；改变培养基必须整体重新赋值 model.medium。以上为资料中明确提供的信息，其余收费、价格或效果等未提供。