SuperAPI AI 工具集

alterlab-clinvar

编程与开发

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更新于 10-15 19:56

技能介绍

用途:查询 NCBI ClinVar 中人类生殖系遗传变异与表型关系及临床意义(致病性),供临床遗传学与科研使用。可按基因、变异名、疾病/表型、临床意义或评审状态检索,并解读致病/可能致病/VUS/可能良性/良性等分类及星级评审状态。

主要能力:Web 界面检索(字段标签如 BRCA1[gene]、clinsig_pathogenic[Properties]、"reviewed by expert panel"[Review status]);经 E-utilities 的 esearch/esummary/efetch/elink 程序化访问;FTP 批量下载 XML(VCV/RCV)、VCF(GRCh37/GRCh38)与制表符文件(variant_summary.txt 等);解析注释 VCF、处理冲突解读、追踪分类更新。自 2024 年起区分生殖系、体细胞临床影响与致癌性三类聚合分类,API 与文件分别暴露。

使用方式:检索示例 curl "https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=clinvar&term=BRCA1[gene]+AND+clinsig_pathogenic[Properties]&retmode=json";下载示例 wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/clinvar/xml/ClinVarVCVRelease_00-latest.xml.gz 或 wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/clinvar/vcf_GRCh38/clinvar.vcf.gz;注释示例 bcftools annotate -a clinvar.vcf.gz -c INFO your_variants.vcf。建议先网页测试查询、用 API key 将限速从 3 提至 10 请求/秒、注意 querytranslation 字段是否被改为 [All Fields]。

适用场景:变异临床意义注释、按疾病/基因检索、构建本地数据库、VCF 注释流程。

限制:不能用于直接临床诊断,须咨询遗传专业人员;需检查评审状态,冲突解读需人工评估;VUS 证据不足;VCF 排除 >10kb 及复杂结构变异;存在 API 限速与多 GB 文件;按月/周更新,无实时更新;人群频率、体细胞、药基因组等应改用 gnomAD、COSMIC、cBioPortal、ClinPGx 等其他技能。提交数据需机构 NCBI 账户。部分细节暂未提供。