ClinPGx（临床药物基因组学数据库）是 PharmGKB 的继任资源，整合 PharmGKB、CPIC、PharmCAT 等来源，提供遗传变异如何影响药物反应的注释数据。
用途：查询基因-药物相互作用；获取 CPIC 循证临床指南；查看等位基因功能、频率与表型；检索 FDA 等监管机构的药物基因组标签；查阅基因-药物-疾病关系的文献注释；支持精准医学与基因型指导的剂量推荐、CYP450 等药物基因功能分析及药物不良反应的遗传风险因素。
主要能力：可访问 gene、chemical、guidelineAnnotation、summaryAnnotation、variantAnnotation、variant、label、pathway 等资源；通过 /report/pair/{firstObjId}/{secondObjId}/{resultType} 推导基因-药物关系；按证据等级（推荐 1A/1B/2A 用于临床）过滤。无 /allele 资源，星号等位基因定义与人群频率需使用 PharmVar。另有临床决策支持工具 PharmDOG（原 DDRx），支持表型转换计算、自定义基因型输入、报告二维码分享、可选 CPIC/DPWG/FDA 指导来源及多药分析，入口为 https://www.clinpgx.org/pharmacogenomic-decision-support。
使用方式：Base URL 为 https://api.clinpgx.org/v1/data/（旧 api.pharmgkb.org 已于 2026-07-20 关闭，路径不变）。资源以 ClinPGx accession ID 寻址，如 CYP2D6=PA128、CYP2C9=PA126，需先用集合端点将基因符号或 rsID 解析为 accession，例如 GET /v1/data/gene?symbol=CYP2D6、GET /v1/data/variant?symbol=rs4244285。响应统一为 {"status":"success"|"fail","data":[...]}，结果读 response.json()["data"]，失败时 data 为 {"errors":[...]}。基因用 relatedGenes.symbol 过滤，化学品/药物用 relatedChemicals.name 过滤（relatedChemicals.symbol 会失败）。基础访问无需认证；数据许可为 CC BY-SA 4.0。可用 uv run --with requests python scripts/query_clinpgx.py 运行，无需管理 venv。
限制：速率上限每秒 2 次请求，超限返回 HTTP 429，建议约 500ms 间隔并做退避重试与缓存；大规模使用需邮件通知 api@clinpgx.org。API 端点相对稳定但开发中可能变动，生产前应固定版本并在开发环境测试。临床应用前须检查证据强度；等位基因频率在不同人群差异显著；需考虑表型转换（药物相互作用）、多基因效应及年龄、器官功能等非遗传因素；并非所有临床相关等位基因都能被现有检测捕获。数据持续更新，应核对发布日期与 ClinPGx 博客。资料未提供具体价格与收费信息。