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alterlab-chembl

数据与分析

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更新于 10-15 19:56

技能介绍

用途:本技能用于以 Python 编程方式访问 ChEMBL(欧洲生物信息研究所 EBI 维护的人工整理生物活性分子数据库,ChEMBL 37 约 290 万化合物、2450 万条生物活性记录、约 1.85 万靶点),支持药物发现与药物化学研究。适用场景包括:按名称/结构/性质查找分子、查靶点(蛋白、酶等)、查 IC50/Ki/EC50 等活性数据、查获批药物与作用机制、相似性或子结构搜索、化学信息学性质分析、靶点-配体关系探索。

主要能力:molecule(按 ChEMBL ID 取、按名搜索、按性质过滤)、target、activity、drug、mechanism、drug_indication、similarity(相似度阈值如 85)、substructure(SMILES)等端点;支持 Django 风格过滤运算符 __exact、__iexact、__contains/__icontains、__startswith/__endswith、__gt/__gte/__lt/__lte、__range、__in、__isnull。结果可转为 pandas DataFrame 分析。

使用方式:安装命令 uv pip install chembl_webresource_client。基本用法:from chembl_webresource_client.new_client import new_client,再访问 new_client.molecule 等端点;按 ID 用 get('CHEMBL25'),过滤用 filter(pref_name__icontains='aspirin')。客户端默认缓存 24 小时,可通过 Settings.Instance().CACHING 与 CACHE_EXPIRE 调整;查询惰性执行,需 list() 触发;结果自动分页。查靶点建议用 UniProt 登录号(target_components__accession)避免名称模糊匹配。

限制与注意:数据虽人工整理但可能存在不一致,需检查 data_validity_comment 与 potential_duplicate 标志;生物活性值使用标准单位(nM、uM 等),pchembl_value 为归一化值,standard_type 标明 IC50、Ki、EC50 等测量类型;须遵守合理使用政策、利用缓存、大批量数据考虑批量下载。本技能不覆盖 BindingDB 实测结合常数、PubChem 通用化合物查询、DrugBank 药物相互作用与标签、ZINC 可购买化合物库、RDKit 本地描述符与指纹计算。具体脚本与 API 参考见 scripts/example_queries.py 与 references/api_reference.md。来源站点页面未提供更多收费或平台信息。