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alterlab-brenda

编程与开发

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更新于 10-15 19:56

技能介绍

用途:该技能用于访问 BRENDA 酶信息系统的官方 SOAP API,查询酶动力学参数、反应与条件数据,适用于生化研究、代谢工程、酶发现与优化。

主要能力:按 EC 号、生物体、底物检索 Km、kcat、Vmax 等动力学参数;获取反应方程与化学计量;按底物、产物或反应模式发现酶;跨生物体比较酶性质;查询最适/稳定 pH 与温度、辅因子;底物特异性与亲和力排序;抑制与激活数据(Ki、IC50、激活剂及机制);支持酶工程(嗜热同源物、pH 稳定变体)和动力学建模(米氏曲线)。

使用方式:需 BRENDA 账号,在 .env 配置 BRENDA_EMAIL 与 BRENDA_PASSWORD(另有兼容用的 BRENDA_EMIAL)。安装依赖:uv pip install zeep requests pandas matplotlib seaborn。核心入口示例: from scripts.brenda_client import get_km_values from scripts.brenda_queries import parse_km_entry km_data = get_km_values("1.1.1.1", organism="Saccharomyces cerevisiae")。 解析键为 kmValue(字符串)与派生的 km_value_numeric(浮点数),无 km_value 键。EC 号须完整(如 1.1.1.1),可用通配符 * 扩大搜索。SOAP 调用需按 WSDL 顺序传参,单条逗号拼接字符串会触发 zeep 报错。附三个辅助脚本:brenda_queries.py、brenda_visualization.py、enzyme_pathway_builder.py。

限制:BRENDA 要求每客户每秒最多一个请求,客户端已做限速;数据采用 CC BY 4.0 许可,衍生工作须引用 BRENDA。代谢通路图、FBA/FVA、药物活性、蛋白序列注释等场景应改用其他技能。具体函数清单与细节见随附引用文档。