用途：当研究对象是含配体或其他分子类型的复合物而非纯蛋白时使用，可用 Boltz-2 在同一预测中共折叠蛋白与小分子配体、核酸和多条链，并预测结合亲和力。
主要能力：蛋白+配体共折叠（YAML 中按 SMILES 或 CCD 描述配体）；结合亲和力预测；蛋白-核酸或多实体组装一次折叠；输出 mmCIF（可用 --output_format pdb 得 PDB）及 confidence_*.json 置信度文件。可用参数包括 --use_msa_server、--use_potentials、--diffusion_samples、--recycling_steps、--override。
用法示例： boltz predict complex.yaml --out_dir out/ --use_msa_server --use_potentials 所需 YAML 含 version: 1 与 sequences（protein、ligand）。亲和力需在 YAML 的 properties 中写 affinity 并指定 binder。
适用与限制：需要 CUDA GPU，权重首次下载至 ~/.boltz；--use_msa_server 会将序列发送到托管服务器，未公开工作需注意，可改用本地 msa 文件或 msa: empty。亲和力预测每次仅一个小分子配体，最多 128 个重原子加保留氢（训练上限约 56 原子），且仅适用于蛋白靶标，RNA/DNA 靶标结果不可靠，应视为排序信号并用实测数据验证。相关参考文件与替代技能（如纯蛋白折叠、抗体-抗原、固定受体对接）按需求另行选用。