用途：BindingDB 是公开的实测药物-蛋白结合亲和力数据库，收录约 320 万条结合记录、约 140 万化合物与约 11500 个蛋白靶点，数据来自文献与专利。本技能用于靶点导向的药物发现、构效关系（SAR）分析、先导化合物选择性/多药理学评估、机器学习基准数据集构建、药物重定位与片段筛选等。
主要能力：REST API 基址为 https://bindingdb.org/rest，无需密钥，默认返回 XML，可加 response=application/json。getLigandsByUniprot 按 UniProt 检索配体，参数格式为 <UniProt accession>;<cutoff nM>，如 P00519;10000；getTargetByCompound 按 SMILES 做结构相似性检索，cutoff 为 Tanimoto 阈值（0–1）。响应顶层键为 getLindsByUniprotResponse，含 bdb.hit 与 bdb.affinities（bdb.monomerid、bdb.smile、bdb.affinity_type、bdb.affinity），亲和力为字符串，可能带前导空格或 >、< 限定符。无按名称或 PubChem CID 的端点，需先用 PubChem PUG-REST 将 CID 转为 SMILES。大规模查询建议下载完整 TSV：从下载页获取 BindingDB_All_<YYYYMM>_tsv.zip（约 560 MB 压缩，按月更新），解压后用 pandas 读取。
使用方式：脚本 scripts/query_bindingdb.py 提供可运行助手，例如 python scripts/query_bindingdb.py uniprot P00519 --cutoff 10000、python scripts/query_bindingdb.py pdb 1Q0L,3ANM --cutoff 100 --identity 92、python scripts/query_bindingdb.py compound "<SMILES>" --cutoff 0.85。TSV 关键列包括 Ligand SMILES、Ligand InChI Key、Ki/Kd/IC50/EC50 (nM)、kon、koff、UniProt 主 ID、Target Name、PDB ID、PubChem CID、ChEMBL ID 等；各月表头可能漂移，建议与实际表头取交集。
限制与注意：Ki 反映直接结合，IC50 依赖底物浓度（Cheng-Prusoff）；TSV 亲和力单元格常带 >、<、>= 前缀，pd.to_numeric(errors='coerce') 会静默转为 NaN，需先剥离前缀并明确处理删失值；单位为 nM，跨研究比较需核对；可用 Target Source Organism 过滤人源蛋白；并非所有化合物都有全部测量类型；如需更多药化活性数据可交叉参考 ChEMBL。引用：Liu T et al. Nucleic Acids Research 2025;53(D1):D1633-D1644, doi:10.1093/nar/gkae1075。