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alterlab-benchling

编程与开发

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更新于 10-15 19:56

技能介绍

用途:该技能用于以编程方式接入 Benchling 生命科学研发云平台,覆盖注册表实体(DNA、RNA、氨基酸序列、自定义实体、混合物)、库存(样本、容器、盒子、位置、转移)、电子实验记录(ELN 条目、模板)与工作流任务,并支持与外部系统同步及数据仓库分析。

主要能力:使用 Python SDK 或 REST API 完成实体的创建、读取、更新、归档与分页列举;通过 registry_id 与 naming_strategy 在创建时注册实体;管理容器、盒子与库存转移(transfer_into_container / transfer_into_containers)、出入库(checkout/checkin);创建与更新实验记录条目、模板及通过 schema 字段或模板表格关联实体;创建和更新工作流任务状态;通过 AWS EventBridge 订阅实体、库存、工作流、条目等事件;通过数据仓库以只读 SQL 做分析。

使用方式:安装 SDK 可用 uv add "benchling-sdk>=1.25,<2" 或 uv pip install benchling-sdk;认证支持 API Key(ApiKeyAuth)与 OAuth 客户端凭据(ClientCredentialsOAuth2),凭据应放在环境变量或密钥管理器中。批量或长时操作返回 TaskHelper,可调用 wait_for_response() 等待完成。自定义字段使用 fields() 辅助函数。

适用场景:批量导入序列、库存审计、工作流自动化、数据导出、与外部系统同步及分析报表。

限制:v2 API 无法向已有条目写入正文或 @ 提及,EntryUpdate 仅改元数据;entity_registry_id 与 naming_strategy 不能同时设置;1.x 无顶层 wait_for_task 函数;注册表与实验记录可能含未公开知识产权或受监管数据,导出前须遵守机构数据规范。官方文档见 https://docs.benchling.com。