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alterlab-anndata

数据与分析

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更新于 10-15 19:55

技能介绍

用途:AnnData 用于构建、切片、拼接、读写带注释的数据矩阵(obs、var、X、layers、obsm、uns),是 scverse 的数据结构层,本身不做单细胞分析。适合创建/读写 AnnData 对象、处理 h5ad/zarr 等格式、拼接多数据集、子集筛选与大规模数据的内存管理。QC、归一化、HVG、聚类、UMAP 等分析步骤应交给 scanpy 等其他技能。

安装:uv pip install anndata;懒加载需 uv pip install 'anndata[lazy]'。

主要能力:创建 AnnData(X、obs、var)、读写 h5ad 与 zarr、backed 模式读取大文件、ad.concat 沿观测或变量拼接(join 与 merge 策略、AnnCollection 懒拼接)、子集与筛选、转置、复制与视图、字符串转分类、稀疏矩阵。

用法要点:读取用 ad.read_h5ad('data.h5ad', backed='r'),写出用 adata.write_h5ad('output.h5ad', compression='gzip');10x 读取器在 scanpy(sc.read_10x_h5)。0.13 起 AnnData.concatenate() 移除,改用 ad.concat([...]);.X 采用写时复制,视图赋值不再影响父对象;构造器 dtype 参数移除;仅支持 zarr v3;loom 读写已弃用。

限制:分析类工作流不在此技能范围;索引需对齐,否则元数据赋值易错;大文件需 backed 模式或稀疏矩阵避免内存不足。更多细节暂未提供。