用途：把蛋白质序列（FASTA）折叠为预测三维结构（PDB/mmCIF），可预测蛋白复合物并评估界面，适合单链折叠、复合物建模、多模型排序与置信度判读，以及设计序列的回折自洽性验证。
主要能力：单链折叠通过 colabfold_batch input.fasta out/ --num-models 5 --num-recycle 3，MSA 走托管 MMseqs2 API，输出各记录排名结构、含 plddt/pae 的 JSON 及覆盖度/pLDDT 图，默认不做弛豫；如需 Amber 弛豫可加 --amber --num-relax 1 --use-gpu-relax。复合物折叠在同一 FASTA 记录中用冒号连接各链，并指定 --model-type alphafold2_multimer_v3，重点看 ipTM 与链间 PAE。置信度指标包括逐残基 pLDDT、整体 pTM、界面 ipTM、残基对 PAE；可对设计序列回折并与目标骨架比较 TM-score/RMSD 做自洽检查。
使用方式与限制：运行需要 CUDA GPU，较大任务建议经远程计算提交与轮询后收集 out/。本技能仅折叠蛋白与蛋白复合物，不处理配体、核酸、离子或共价修饰；这类需求可考虑 AlphaFold 3 或同套件的 alterlab-boltz、alterlab-chai。查已算好的 UniProt 预测用 alterlab-alphafold-db，配体共折叠/亲和力用 alterlab-boltz，抗体-抗原等复杂实体组合用 alterlab-chai。安装、固定版本、MSA 模式（API 与本地库）、模板、批量/数组运行及完整指标解读见 references/colabfold_usage.md，按需加载。