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scgpt

数据与分析

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更新于 10-15 19:53

技能介绍

用途:scGPT 是单细胞生物学基础模型,用于对单细胞表达数据生成细胞嵌入并进行细胞注释。适合需要从表达矩阵得到低维表示、再聚类或注释的场景。

主要能力:加载 scGPT 词表与检查点,对 AnnData 数据做嵌入,输出每细胞嵌入向量(默认 512 维),可接 scanpy 的 neighbors、leiden、umap 等下游分析,也可与 scvi-tools 潜空间比较。

使用方式:环境需 Python 3.10+(推荐 3.11)、CUDA 12.1+(推荐 12.4+)、GPU 显存 16GB(推荐 24GB+)。检查点是原始目录(args.json、best_model.pt、vocab.json),不是 Hugging Face 仓库,需指向目录路径。用 GeneVocab.from_file 加载 vocab.json,人类检查点词表大小为 60697。用 scgpt.tasks.embed_data 对 AnnData 嵌入,需指定 gene_col 为 adata.var 中基因名列,结果存于 .obsm["X_scGPT"]。远程计算可提交作业,命令为 python3 embed.py,并保留返回的 job_id 用于查询状态或结果。

限制与注意:use_fast_transformer 默认 True,但可能因 flash_attn 不可用而失败,建议传 False。基因名必须与词表匹配,不匹配的基因会被丢弃;若几乎全部基因被丢弃,检查 gene_col。旧 torchtext shim 可能报 Vocab 属性错误,需更新环境。环境清单中包名大小写可能不同,查找前应规范化键名。