用途：Chai-1 是蛋白、核酸与小分子复合物的结构预测模型，与 Boltz-2、AlphaFold3 同属一类，输入多实体 FASTA，输出 mmCIF 及 pTM、ipTM、pLDDT 等分数；蛋白、RNA、DNA 和 SMILES 配体链均为一等公民。与 boltz 覆盖面相同，常同时运行取并集做共识筛选；Python 入口便于嵌入循环调用。代码与权重采用 Apache-2.0，明确允许商业使用（含药物发现）。
主要能力：FASTA 头格式为 >{entity_type}|name={id}，entity_type 可取 protein、rna、dna、ligand；ligand 序列体为 SMILES 字符串，修饰残基可内联写成如 ...AAK(SEP)AAG...。输出目录生成 pred.model_idx_{0..4}.cif 及对应 scores.model_idx_{N}.npz，含 aggregate_score、ptm、iptm、per_chain_ptm 与冲突标记。按 aggregate_score 排序；iptm 大于 0.5 可视为界面软通过。
使用方式：Python 中从 chai_lab.chai1 导入 run_inference，传入 fasta_file、output_dir、num_trunk_recycles、num_diffn_timesteps、seed、device、use_esm_embeddings；命令行等价写法为 chai-lab fold complex.fasta out/ --use-msa-server。不加 --use-msa-server（Python 中 use_msa_server=True）则仅用 ESM 嵌入，更快但通常 ipTM 低几分。函数拒绝非空 output_dir，调用间需清空或轮换。
限制与注意事项：首次推理下载约 5 GB（非安装时），含自带的 traced ESM2-3B。未设置 CHAI_DOWNLOADS_DIR 时默认在 site-packages 内，只读镜像会中途报 PermissionError，可写镜像每次冷启动会重复下载，应导出到持久卷。无 MSA 模式仍需加载 3B 参数 ESM，占用同样显存；显存不足时应减少 num_diffn_timesteps 或每次折叠更少链。典型错误：site-packages 下的 PermissionError 对应未设置下载目录；ESM 嵌入阶段 CUDA out of memory 表示 ESM2-3B 与 trunk 同时加载，需更大显存或拆分链。