用途:该技能用于通过 NCBI BLAST API 执行序列比对,支持核苷酸和蛋白质序列与主要生物数据库的相似性比较,适合需要明确假设、限定范围且输出可复现的数据分析任务。
主要能力:集成 BLAST API 查询 NCBI 服务;支持 blastn、blastp、blastx、tblastn、tblastx 五种程序;支持 nr、nt、swissprot、refseq、pdb 等数据库;结果以人类可读格式展示,包含查询序列信息、命中定义与登录号、比对分数(bit score、e-value)、相似度百分比及匹配/错配高亮可视化。
使用方式:入口脚本为 scripts/main.py。可先运行 python -m py_compile scripts/main.py 校验脚本,再运行 python scripts/main.py --help 查看帮助。示例:python scripts/main.py --sequence "ATGCGTACGTAGCTAGCTAG" --program blastn --database nt --output results.txt。参数包括 --sequence(查询序列,必填)、--program(BLAST 程序,必填)、--database(目标数据库,必填)、--output(输出路径,可选)、--format(text/json/csv,默认 text)、--max_hits(默认 10)、--evalue(默认 10)。
适用场景:DNA 与 DNA、蛋白质与蛋白质、DNA 与蛋白质等序列相似性搜索,以及需要结构化、可审查输出的生物信息分析。
限制:需 Python 3.10+;第三方包未固定版本;需网络访问外部 API;技术难度中等,需理解 BLAST 算法、API 重试逻辑与生物序列格式;执行前应确认输入路径、输出路径、范围过滤、阈值等参数;若输入缺失或超出文档范围应停止并说明。当前生命周期为 Draft,已知问题无,计划改进包括性能优化与更多功能支持。