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sanger-chromatogram-qa

数据与分析

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更新于 10-15 18:45

技能介绍

用途:该技能用于 Sanger 测序色谱图的质量评估,常见任务包括突变验证、克隆确认、基因分型质控(Genotyping QC)和 SNP 验证。

主要能力:脚本接收色谱图文件(ab1_file)、参考序列(expected_seq)和变异位点(variant_pos),返回质量评分、混合峰检测、变异确认以及是否建议重复测序,例如标记第 234 位的杂合峰。

使用方式:进入技能目录后,可用 python -m py_compile scripts/main.py 验证脚本可解析,再用 python scripts/main.py --help 查看参数;运行时先确认输入路径、输出路径、范围过滤、阈值等领域约束,必要时修改文件内 CONFIG 块或文档化参数,再执行脚本并审查输出。可参见示例路径:cd "20260318/scientific-skills/Data Analytics/sanger-chromatogram-qa"。依赖需先执行 pip install -r requirements.txt,Python 要求 3.10+,requirements.txt 中声明了 numpy。

输出与结构:结果应可复现,显式列出假设、交付物、风险与未决项;非平凡请求按 Objective、Inputs Received、Assumptions、Workflow、Deliverable、Risks and Limits、Next Checks 的固定结构回复。

限制与风险:脚本在本地运行(代码执行风险中等,文件系统读写风险中等),无外部 API 调用,输出保存到工作区;输入缺失时应明确指出缺哪些字段并只请求最少信息,超出文档范围则停止而非猜测;执行失败要报告失败点、可安全完成的部分并给出人工回退方案,不得编造文件、引用、数据、搜索结果或执行结果。当前生命周期为 Draft,下一评审日期 2026-03-06,已知问题为 None,计划改进包括性能优化与增加功能支持。