用途：从表格化样本注释文件构建可复现的桑基/冲积（Sankey/alluvial）可视化，展示样本在多个分类阶段之间的流转，例如风险分组、响应状态、亚型、队列标签。
主要能力：接受CSV或TSV注释表，行代表样本，所选列作为分类阶段，至少需要2个阶段列；自动检测分隔符、校验列是否存在、替换空白或NA标签、添加行级sample_id，并用ggalluvial::to_lodes_form()转换为lodes长表；用geom_flow()与geom_stratum()绘图并导出PDF；同时保存所选注释表、lodes表、PDF图和R会话信息。
使用方式：先安装依赖：Rscript scripts/install_dependencies.R。基本命令：Rscript scripts/main.R --input_file ./annotations.csv --output_dir ./output --columns risk,Responder --seed 42。常用参数包括-i/--input_file、-o/--output_dir、-c/--columns（省略则使用全部列）、-p/--output_prefix、--width、--height、--alpha、--label_size、--missing_label、--title、-s/--seed、--timeout。输出为table/selected_annotations.csv、table/sankey_lodes.csv、plot/{output_prefix}.pdf、data/session_info.txt。
适用场景：样本分类注释的多阶段流转展示，如风险到响应、亚型到队列等。
限制：不适用于基因调控网络、连续值轨迹、通路流分析或非表格数据；建议每阶段唯一值少于8个、阶段总数少于5个，超出会给出可读性警告但仍继续绘图；依赖R包ggalluvial与ggplot2，安装脚本从CRAN安装且不锁定版本；出错时按SKILL_*错误码处理，不静默重试。具体算法细节、故障排查与CLI示例见references/目录下对应文件，资料未提供其内容。