用途：在病例对照队列中评估一个或多个诊断标志基因。使用标志基因表达值构建多变量逻辑回归诊断模型，并将完整模型与单个标志物的ROC表现进行对比，输出AUC等结果。
主要能力：校验表达矩阵与分组文件、匹配共有样本、提取所选标志基因、二值化结局、拟合逻辑回归、提取系数/标准误/p值/优势比、生成完整模型与各标志物的ROC曲线并计算AUC、保存分析数据与模型及图表。
使用方式：通过Rscript运行脚本，示例：Rscript scripts/main.R --expression_file ./expression_matrix.csv --group_file ./group_info.csv --marker_genes FOXP3,CD45,CD3E --case_group Disease --output_dir ./output/ --seed 42。必需参数为-e/--expression_file、-g/--group_file、-m/--marker_genes、-c/--case_group；可选参数包括--group_col、-o/--output_dir、--overwrite、-s/--seed、-T/--timeout_seconds及绘图相关参数（如--plot_width、--plot_height、--line_colors、--show_diagonal、--legend_position等）。输入文件支持.csv/.tsv/.txt：表达矩阵基因为行、样本为列，首列为唯一基因标识；分组文件首列为样本ID，至少含一个分组列。输出包括data/analysis_data.rds、data/roc_model.rds、table/model_coefficients.csv、table/roc_auc_summary.csv、plot/roc_curve.pdf、session_info.txt。
适用场景：病例与对照样本的标志基因诊断性能评估、多基因诊断模型与单基因ROC比较。
限制：不适用于生存/预后分析、多分类任务、校准图/列线图/决策曲线分析，以及影像、临床评分或仅突变表等非表达诊断输入。要求至少10个匹配样本、2个病例和2个对照；缺失值、样本ID不匹配或模型拟合失败会触发SKILL_*错误。需安装所需R包。
其他：测试数据位于tests/data/，可运行Rscript tests/run_smoke_test.R进行冒烟测试。版本2.1.0。