用途：分析给定的文献（论文）文本，生成完整的研究方案设计，涵盖科学假设、研究大纲、详细实验设计、预算与年度计划。适用于用户希望从一篇论文出发设计研究项目的场景，偏向可重复、清单驱动的执行，而非开放式头脑风暴。
主要能力：提取科学假设与细胞表型；提取分子机制、信号通路与调控关系，识别“起始变量”（结果中的第一个基因）；提取临床问题及其与假设的关系；生成研究方案大纲（第2节 研究计划），约束为从生物信息学筛选到机制验证；针对大纲各部分设计详细实验，要求包含模型、分组、样本、方法、指标、预期结果，通常研究两个变量之间的关系，动物实验须从建模开始；撰写第1节概述（疾病介绍）；生成3年预算说明（人民币）与3年研究进度表；最终按概述、研究计划（含详细实验）、预算、年度计划的顺序组装报告。
使用方式：输入为科学论文的文本内容，输出为 Markdown 格式的结构化研究提案。按步骤执行：分析提取、大纲生成、详细实验设计、最终汇编、输出组装。参考 references/prompts.md 中的提示词。技能目录为 20260316/scientific-skills/Protocol Design/research-proposal-generator，未检测到打包的可执行脚本，采用 SKILL.md 中的指令式工作流配合 references/assets。依赖 Python 3.10+，第三方包未明确固定版本。
适用场景：从论文设计研究项目、需要结构化研究提案交付物的重复性任务。
限制：缺少必需源数据、标识符、文件或凭据时不适用；不得用于编造结果、无依据主张或超出范围的结论；当更简单的直接回答更合适时不适用。输出文件建议命名为 research_proposal_generator_result.md，并附验证摘要（PASS/FAIL、假设与剩余限制）。