用途：面向系统生物学工作流，通过 Reactome REST API 获取人工审编的通路数据并开展通路分析。
主要能力：对基因/蛋白标识符列表做通路过表征（富集）分析；将表达数据映射到 Reactome 通路以支持通路层面解读；按 Reactome 稳定 ID 检索通路、反应及参与分子的内容；访问通路层级结构；利用物种投射能力在不同物种间映射通路。
使用方式：依赖 python（3.x）、requests、reactome2py，安装命令为 uv pip install reactome2py requests。命令行示例：查询通路内容 python scripts/reactome_tool.py query_content --id "R-HSA-69278"；对基因列表运行过表征分析 python scripts/reactome_tool.py analyze_identifiers --identifiers "TP53,BRCA1"。标识符以逗号分隔字符串提交；内容检索需使用 Reactome 稳定 ID（人类通路常见格式 R-HSA-xxxxx）。输出通常包含通路/反应元数据及分析结果（如富集通路与相关统计）。
参考：Reactome 开发者文档 https://reactome.org/dev，本地 API 说明见 references/api_reference.md。
限制：资料未提供具体收费、平台与效果信息。