SuperAPI AI 工具集

rare-disease-hpo-mapper

数据与分析

查看项目

更新于 10-15 16:44

技能介绍

用途:该技能(rare-disease-hpo-mapper)用于把患者症状标准化为人类表型本体(HPO)术语,服务于基因诊断、外显子/基因组分析、罕见病诊断、遗传咨询和研究队列构建等场景。

主要能力:输入临床描述(symptoms)、发病年龄(age_onset,儿童/成人)、遗传模式(inheritance_pattern,AD/AR/XL),返回HPO术语建议、置信度分数、鉴别诊断基因和文献链接。示例:“Wide-set eyes”映射为 HP:0000316(Hypertelorism)。执行路径为脚本 scripts/main.py,references/ 目录提供参考指引,输出结构化、可复核。

使用方式:需 Python 3.10+,依赖见 requirements.txt(其中列有 difflib)。先安装依赖:pip install -r requirements.txt。校验入口:python -m py_compile scripts/main.py;查看帮助:python scripts/main.py --help。运行前需确认用户目标、输入与输出路径、范围过滤、阈值等参数,必要时修改脚本内 CONFIG 块或文档化参数,再运行 python scripts/main.py。

限制与风险:脚本本地执行(中等风险),无外部 API 调用(低风险),会读写文件(中等风险);输出文件保存在工作区。若输入缺失、超范围或脚本失败,应说明阻塞点并走已记录的降级路径,不得编造文件、引用、数据或执行结果。当前资料未提供具体准确性指标、医学认证信息、收费方式或额外平台支持;生命周期状态为 Draft,已知问题为无。