用途：该技能面向计算质谱（computational mass spectrometry），基于 PyOpenMS（OpenMS C++ 库的 Python 绑定）。适用于需要在管线中转换、校验或批量处理质谱文件，或在分析前清洗原始谱图、构建 Python 自定义质谱工作流的场景。
主要能力：MS 文件 I/O，读写 mzML、mzXML、MGF 等常见格式；信号处理，包括平滑、基线校正、过滤与峰 picking；feature 检测，提供同位素模式检测与 feature linking 工具；鉴定支持，为基于 OpenMS 兼容组件的肽段鉴定工作流提供接口；脚本化工作流，提供“加载→处理→分析”的现成入口。
依赖与安装：需安装 pyopenms（版本需与所用 OpenMS/PyOpenMS 发行版兼容）、pandas（建议最新版）、numpy（建议最新版）。安装命令：uv pip install pyopenms pandas numpy。
使用方式：可使用提供的 workflow 脚本 scripts/process_ms.py，从 scripts.process_ms 导入 run_workflow，调用 run_workflow("data.mzML", apply_filter=True)，再以 python run_example.py 运行。该脚本预期读取输入 mzML 并应用可选过滤；返回对象取决于 run_workflow 的实现，常见为处理后的 experiment、feature map 或汇总 dict。自定义工作流可参考 references/file_io.md（文件操作）与 references/signal_processing.md（信号处理算法）。
实现细节：默认脚本遵循标准管线结构——从磁盘加载 MS run（如 mzML）、处理谱图（可选过滤/平滑/基线校正）、分析结果（如峰 picking、feature 检测或下游汇总）。apply_filter 标志用于切换一个或多个预处理步骤，具体过滤器与参数应记录在 scripts/process_ms.py 及参考指南中；可用过滤器与峰 picking 工具的详细说明及参数化见 references/signal_processing.md。
限制：资料未提供具体支持格式之外的扩展格式、性能指标、许可、价格或平台要求，这些事实暂未提供；示例返回类型取决于实现，需查阅相关脚本与文档确认。