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pubmed-topic-recommend

写作与研究

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更新于 10-15 16:44

技能介绍

用途:当用户只有宽泛研究方向(如 immunotherapy biomarkers)并需要若干个具体、有文献依据的选题时,该技能可检索 PubMed 并生成约 5 个选题建议,每个选题附带理由与支持文献。

主要能力:使用官方 PubMed E-utilities 接口检索;支持关键词 OR 分组、NOT 排除、字段限定(如 Title/Abstract)与 MeSH 词、mindate/maxdate 时间范围,以及可选文献类型(review、meta-analysis、clinical trial 等)。输出 JSON,包含最终检索式、检索到的文献元数据、约 5 个选题(含标题、依据与支撑引用)。选题要求与检索文献主题一致,避免重复,并为每个选题给出一句“研究空白/机会”。

使用方式:在 scripts/run_topic_recommendation.py 顶部配置参数(关键词/MeSH、排除词、时间范围、文献类型、选题数量,默认约 5 个),然后运行 python scripts/run_topic_recommendation.py。可选最小验证:python scripts/run_topic_recommendation.py --help。输出为 JSON 文件或标准输出,含 query、papers、topics。建议将中文方向转为英文关键词或 MeSH。结果过少时可放宽时间范围、字段限制或补充同义词。

依赖:Python 3.10+(推荐),PubMed E-utilities(NCBI)HTTP API,无需本地安装。API 与查询语法见 references/pubmed_api.md。

限制:需要明确任务目标与必要输入,缺少文件、标识或凭据时不适用;不得用于伪造结果或超出范围的结论;若输入缺失或外部依赖失败,应指出具体缺失项与最小修复方式;不要用于有更简单直接答案的场景。