用途:为化学信息学与药物发现提供对 PubChem 数据库的编程式访问,支持按名称、CID、SMILES、InChI 或分子式搜索化合物,检索理化性质,执行结构搜索并获取生物活性数据。
主要能力:灵活化合物检索;经 PUG-REST 与 PubChemPy 获取性质(如分子量、LogP、TPSA、氢键供体/受体、规范 SMILES);相似性搜索与子结构搜索;关联 PubChem BioAssay 的生物活性检索;实现中考虑 PubChem 限速(每秒最多 5 次请求);提供 Python 函数接口便于集成到科研流程。
使用方式:依赖安装 uv pip install pubchempy requests(版本均未固定)。主模块为 scripts/pubchem_ops.py。获取性质:python -c "from scripts.pubchem_ops import get_properties; print(get_properties(query_value='Aspirin', query_type='name'))"。结构搜索(相似性):python -c "from scripts.pubchem_ops import structure_search; print(structure_search(query_value='CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O', search_type='similarity'))"。获取生物活性:python -c "from scripts.pubchem_ops import get_bioactivity; print(get_bioactivity(cid=2244))"。支持的 query_type 需为 name、cid、smiles、inchi、formula 等;search_type 需为 similarity 或 substructure。
适用场景:需要自动化检索化合物信息、比较结构或整合生物活性数据的研究与工程流程。
限制:需能访问 pubchem.ncbi.nlm.nih.gov;若结果为空需检查查询格式(如有效 SMILES 或 InChI);化合物未找到时返回结构化错误或 None;需遵守 PubChem 每秒 5 次请求的限速。API 文档参考 references/api_reference.md。其余平台、收费或效果信息暂未提供。