用途:基于本地基因列表与离线 STRING 缓存,构建蛋白质-蛋白质相互作用网络,并输出网络数据与可视化图。
主要能力:提供标准化 R CLI,支持 CSV、TSV、TXT、XLSX 基因列表输入,自动识别基因列名,将基因映射到 STRING,过滤相互作用,计算网络指标,导出节点表、边表、汇总指标、PDF 网络图及运行环境信息。
使用方式:运行 Rscript scripts/main.R,必填 --genelist_file、--species 和 --threshold(threshold 取值 400 至 1000),可选 --output_dir、--seed、--timeout_seconds、--string_cache_dir、--string_version 及一系列图形参数;--plot_only TRUE 可复用已有 ppi_result.rds 重新绘图。
适用场景:需要可重复、离线运行的 PPI 网络分析,尤其是在无网络环境或需标准化输出的医学研究流程中。
限制:依赖本地 STRING 缓存与所需 R 包;输入为空、无可解析基因、映射基因少于两个、过滤后无相互作用均会报错(如 SKILL_EMPTY_DATA)。阈值过高可能导致网络稀疏,需下调。错误码及修复说明见 references/troubleshooting.md。图形参数支持节点/边映射、布局与样式设置,具体功能以脚本实现为准。若用 --plot_only TRUE,需先完成一次完整分析。该技能亦提供打包的小型基因列表用于冒烟测试。