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写作与研究

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更新于 10-15 18:45

技能介绍

用途:将下载 PubMed/PMC 文献的需求统一到合法、可追溯的 PMC 工作流,核心是“只通过官方许可方式获取 PMC 中合法可访问的内容”,而非尽快拿到任意全文。触发场景包括下载某篇 PubMed 文章、保存与 PMID/PMCID 对应的 PMC 全文、批量获取 PMC 开放获取子集、判断某文能否合法下载等;若用户提到 Sci-Hub、镜像站、批量爬取或绕过限制,应直接拒绝并说明官方替代方案。

官方允许渠道:PMC Cloud Service、PMC FTP Service、PMC OAI-PMH Service、PMC OA Web Service、E-utilities、BioC API,不使用其他自动抓取方式。

流程:先确认输入标识、单篇/批量/仅元数据、目标格式(XML/JSON/文本/PDF);若只给 PMID 需先映射为 PMCID。再判断文章是否属于 PMC 开放获取子集或作者手稿集,否则不得绕过限制,应说明无法通过官方渠道获取全文,并可改用摘要或引文信息。然后按场景选服务:单篇全文优先 BioC API,批量同步优先 PMC OA Web Service 或 Cloud Service,通用检索用 E-utilities,批量元数据用 OAI-PMH,文章包/PDF/补充材料用 FTP 或 Cloud Service。仅当官方文章包明确提供 PDF 时才下载,不得抓取出版商页面。保存时记录原始标识、来源服务、下载时间戳、许可/集合信息与本地路径,建议目录 pmc-downloads/<identifier>/;写 JSON 元数据用 UTF-8,中文不强制转义。

命令:单篇可用 python scripts/download_pmc_bioc.py;统一入口为 python scripts/download_pmc.py --pmcid PMC13011518 --pmcid PMC11656652 --pmcid PMC11787101,或 python scripts/download_pmc.py --identifier PMC11787101,直接传参而非改代码。

限制与注意:禁止非官方镜像、盗版站、第三方全文库、批量爬取页面、绕过许可,也不得把“可访问网页”等同于“可自动批量下载”。失败时依次排查标识错误、文章不在可访问集合、格式不受支持、许可限制,仍失败则如实说明并提供官方替代路径。注意 citation_pdf_url 常只是查看页;下载前用 PMC OA Web Service 验证 PMCID 是否开放并取官方 pdf 链接;ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/... 可改为 https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/...;下载后检查文件头是否以 %PDF 开头,避免把 HTML 存成 PDF;旧下载路径不要硬编码,以当前 PMC 文档为准。缺输入时暂停并询问,批处理或覆盖前先与用户确认;部分完成须标 PARTIAL 并说明已完成与未完成项。