用途:该技能用于美化系统发育树,适合需要在论文或报告中呈现带分类学颜色区分、Bootstrap 支持值和时间轴的进化树的场景。它按可复现流程执行,要求明确假设、限定范围并给出结构化输出,便于审核与复核;当缺少输入、执行出错或证据不完整时,文档要求走回退路径并说明阻塞点。
主要能力:支持读取标准 Newick 格式树文件(.nwk 或 .newick),例如 ((A:0.1,B:0.2)95:0.3,(C:0.4,D:0.5)88:0.6);,Bootstrap 值可放在节点标签位置。可显示 Bootstrap 值并按阈值过滤,可加载 CSV 分类学文件添加分类着色,可显示时间轴并设置根节点年龄(百万年前),可设置分支和叶标签颜色,输出格式支持 png、pdf、svg。
使用方式:先安装依赖 pip install ete3 matplotlib numpy pandas,需 Python 3.8+。主脚本为 scripts/main.py,可先执行 python -m py_compile scripts/main.py 检查语法,再运行 python3 scripts/main.py --input <input_tree.nwk> --output <output.png> [options]。常用参数包括 -i/--input(必填)、-o/--output(默认 tree_styled.png)、-f/--format、-w/--width(默认1200)、-h/--height(默认800)、--show-bootstrap、--bootstrap-threshold(默认50)、--taxonomy-file、--show-timeline、--root-age、--branch-color、--leaf-color。分类学文件为 CSV,列为 name,domain,phylum,class,order,family,genus。
限制:需在本地执行 Python 脚本,具有文件读写和代码执行风险,建议在沙箱环境中运行并校验路径。资料未提供具体性能指标、错误码或收费信息;缺失必填输入时应先请求最小必要信息,范围外任务应停止而非猜测。