pdb-database

用途：通过 RCSB PDB 检索、下载并程序化获取三维大分子结构与元数据，适用于结构生物信息学、药物发现、蛋白工程和建模等场景。主要能力包括：基于关键词或属性（物种、实验方法、分辨率）的文本与属性检索；可配置阈值（e-value、identity）的序列相似性搜索；以已有条目为参考的结构相似性搜索；经 RCSB Data API（Schema 或 GraphQL）获取元数据；直接下载 PDB 与 mmCIF 坐标；以及多 PDB ID 的批处理模式。查询可用布尔逻辑组合（AND、OR、NOT）。用法：依赖 rcsb-api、requests>=2.0，可选 biopython>=1.80，安装示例为 uv pip install rcsb-api requests biopython。坐标下载端点形如 https://files.rcsb.org/download/{PDB_ID}.pdb 与 https://files.rcsb.org/download/{PDB_ID}.cif。批处理时逐 ID 调用 fetch(pdb_id, schema=Schema.ENTRY) 并逐条处理异常；大批量建议限速与缓存。限制：技能资料未提供具体收费、平台或效果信息；实际可用字段、速率限制与故障排查需查阅仓库内 references/api_reference.md。