用途:通过 Open Targets Platform 检索靶点、疾病或证据记录,获取靶点-疾病关联数据与基于证据的评分,用于治疗靶点发现、优先级排序和关联证据审计。
主要能力:按实体类型查询(target、disease、evidence);基于疾病发现候选靶点;基于 Open Targets 证据聚合(谐波和式聚合,避免单一证据类型主导)计算关联评分;从 GWAS、ClinVar、ChEMBL、通路等整合来源检索证据;可选字段选择以减小响应负载。
使用方式:依赖 Python >=3.8、requests >=2.25。按 Ensembl ID 查询靶点示例:python scripts/query_opentargets.py --id "ENSG00000157764" --type target。可选指定字段:python scripts/query_opentargets.py --id "ENSG00000157764" --type target --fields "approvedSymbol,biotype,tractability"。输入含 query_type(必填,target/disease/evidence)、id(必填,如靶点用 Ensembl ID、疾病用 EFO ID)、fields(可选数组)。输出为 Open Targets API 解析后的 JSON 数据。可先运行 python scripts/query_opentargets.py --help 做最小验证。API 细节、可用字段与实体模式见 references/api_reference.md。
适用场景:已有疾病(如 EFO ID)需发现并排序候选治疗靶点;已有靶点(如 Ensembl 基因 ID)需查看关联疾病与支持证据;需要证据级别细节(如 GWAS、ClinVar、ChEMBL)来佐证或审计关联;比较不同靶点/疾病的关联强度;构建程序化获取关联数据的流水线。
限制:缺少必需源数据、标识符、文件或凭据时不适用;不得用于编造结果、无依据声明或超范围结论;更简单的直接回答优于文档化工作流时不适用。执行前需校验必填输入,缺失时提前停止并说明具体缺失项与最小修复方案;外部依赖或脚本失败时应给出命令路径、可能原因与恢复步骤;输出需结构化、字段名稳定,若值不可用应显式占位而非省略。