SuperAPI AI 工具集

nomogram-construction

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更新于 10-15 16:44

技能介绍

用途:根据已预先选定的临床预后变量构建预后列线图,并评估模型区分度。

主要能力:基于 rms::cph 拟合Cox生存模型,在指定时间点构建生存函数与列线图对象;计算C-index并输出汇总表;导出列线图数据包(.qs)与分析数据集(.rds);在plot模式渲染出版级列线图PDF。

使用方式:需先安装R包 rms、openxlsx、qs、optparse,可执行 install.packages(c("rms", "openxlsx", "qs", "optparse"), repos = "https://cloud.r-project.org"),或运行 Rscript scripts/install_dependencies.R。构建:Rscript scripts/main.R --mode build --data_file ./clinical_data.csv --features age,stage,risk --time_col futime --event_col fustat --years 1,2,3 --output_dir ./output/ --seed 42。绘图:Rscript scripts/main.R --mode plot --nomo_data_file ./output/data/Nomogram_list.qs --plot_save ./output/plot/nomogram_plot.pdf。

输入要求:CSV文件,样本ID作为行名位于首列;至少3个预后特征;time_col需为大于0的有限数值;event_col仅含0和1;过滤不完整行后至少20个完整样本和10个事件。

输出限制:build模式产生 Nomogram_list.qs、analysis_data.rds、nomogram_c_index.xlsx、session_info.txt;plot模式产生 nomogram_plot.pdf 与 session_info.txt。该技能不用于从头用Cox回归筛选变量,也不用于ROC、校准曲线、决策曲线、诊断模型、二分类或非生存结局,以及单细胞、差异表达或通路分析。