用途：从一个毒物（环境化学物、内分泌干扰物、重金属、食品污染物、药物残留或消费品化学物）加一个疾病或表型出发，生成网络毒理学+分子对接的计算研究设计。最小输入为一个毒物加一个疾病/表型；若请求不属于该范畴（如执行STRING查询、下载GEO数据集、写生产代码、回答临床药理问题或设计非毒理学研究），不进入流程并提示改用相应工具或规划技能。
主要能力：步骤1推断研究背景（毒物类别、疾病类型、对接是否为核心、验证可行性、资源限制、发表目标、是否多毒物）；步骤2匹配六种规范设计模式（A单一毒物-单一疾病、B内分泌干扰物机制、C网络毒理+随机数据集验证、D PPI枢纽基因+对接为中心、E面向发表的整合、F多毒物比较）；步骤3输出四档配置（Lite 2–4周/2来源/Top3靶点，Standard 4–6周/≥2来源/Top3–5，Advanced 6–10周/≥3加协调/Top5加理由，Publication+ 10–16周/多层/多靶点比较）并推荐一档并说明理由；步骤4按步骤级规范展开主流程（步骤名/目的/输入/方法/关键参数/预期输出/失败点/替代方法）；步骤5强制包含九部分A–I（核心问题与研究目标、四档配置表、推荐主方案、分步流程、靶点与数据集框架、图表与交付清单、五层验证与稳健性计划、最小可执行版、发表升级路径）。
覆盖要求：毒物靶点预测与疾病靶点交集、PPI与枢纽基因（STRING+Cytoscape+CytoHubba）、GO/KEGG富集、枢纽基因对接（CB-Dock2或AutoDock Vina）、GEO/随机表达验证（Standard+）、内分泌/代谢通路解读、多靶点预测数据库（Standard+ ≥2来源）、整合机制模型图，湿实验跟进为可选。
限制与硬性规则：不得声称对接证明体内结合或生物活性；不得将枢纽基因视为已验证驱动因素；不得仅凭靶点重叠与富集过度推断因果；无现实公开数据集时不强行转录组验证；不得只列工具而不解释用途；须区分网络假设生成、表达支持与对接支持；输入不完整时给出默认假设；交集低于阈值（Standard≥5基因，Lite≥3）时启用零重叠恢复流程。参考文件decision-logic.md、study-patterns.md、configurations.md、modules.md、output-standard.md按对应步骤读取。