用途：microbiome-diversity-reporter 用于解读 16S rRNA 测序结果中的 Alpha 与 Beta 多样性指标，面向需要明确假设、限定范围且输出可复现的学术写作任务。
主要能力：Alpha 多样性分析单样本内物种多样性，可选 shannon、simpson、chao1、observed_otus 指标；Beta 多样性分析样本间物种组成差异，输出 PCoA、NMDS、距离矩阵热图与 PERMANOVA 统计检验。报告格式支持 html、json、markdown，含多样性指数值、稀释曲线、分组箱线图及统计摘要。
使用方式：依赖 Python 3.8+ 及 numpy、pandas、scipy、scikit-bio、matplotlib、seaborn、plotly。先执行 python -m py_compile scripts/main.py 与 python scripts/main.py --help 验证入口。示例：python scripts/main.py --input otu_table.tsv --metric shannon --output alpha_report.html；Beta 分析需加 --metadata metadata.tsv --beta；--full 生成完整报告。输入为 TSV 格式的 OTU/ASV 表与样本元数据，元数据在 Beta 分析时必填。
适用场景：微生物组多样性统计分析与报告生成，适合有明确输入与接受标准、需要可复核产出物的研究流程。
限制：官方资料标注当前阶段为 Draft，已知问题为 None；需本地执行 Python 脚本，可能读取输入文件并写入输出文件。执行失败时需报告失败点并给出人工回退方案，不得编造数据或结果。收费、价格与平台信息暂未提供。