用途:面向宏基因组样本,生成展示分类学丰度层级的可交互旭日图(Krona Chart)。支持解析 Kraken2、Bracken、Centrifuge 等常见分类工具输出,也可读取自定义 TSV,最终产出可离线打开的独立 HTML 图表。
主要能力:交互式旭日图,支持缩放与点击;按分类层级进行颜色编码;悬停显示 reads 与百分比详情;中心显示总 reads;响应式适配不同屏幕。输入需包含分类层级信息;数据量大时可用 --min-percent 过滤低丰度类群。
使用方式:入口脚本为 scripts/main.py。可用以下命令校验与查看帮助:python -m py_compile scripts/main.py;python scripts/main.py --help。基本调用如:python scripts/main.py -i input.tsv -o krona_chart.html。主要参数:-i/--input 输入文件路径(TSV,必填);-o/--output 输出 HTML 路径(默认 krona_chart.html);-t/--type 输入格式类型(kraken2/bracken/custom,默认 auto);--max-depth 最大显示层级深度(默认 7);--min-percent 最小显示百分比阈值(默认 0.01);--title 图表标题(默认 Metagenomic Krona Chart)。输入可为 Kraken2/Bracken 报告格式的行(含百分比、reads、层级字符、taxon id、名称)或自定义 TSV 的 taxon_id、name、rank、parent_id、reads、percent 列。参考材料位于 references/,示例在 example/(input.tsv 与 output.html)。
适用场景:需要以可复现方式、显式校验和结构化输出对宏基因组分类丰度数据进行可视化与复核解读的任务。
依赖与限制:资料声明 Python 3.10+(依赖说明处另写 Python 3.8+);pandas、plotly 由 requirements.txt 声明版本未指定;plotly 需 ≥5.0.0、pandas ≥1.3.0,可用 pip install plotly pandas 安装。脚本在本地执行,无外部 API 调用,读取输入文件并写出输出文件,输出保存于工作区。执行前需确认输入、输出路径及阈值等参数;仅处理其文档所述工作流,超出范围或缺少关键输入时应停止并请求最小补充信息,不得编造文件、引用、数据或执行结果。