SuperAPI AI 工具集

metabolomics-workbench-database

数据与分析

查看项目

更新于 10-15 16:44

技能介绍

用途:该技能面向代谢组学与生物标志物发现任务,通过 Metabolomics Workbench 的 REST API 访问其公开研究数据与化合物信息,输出结构化、可复核的结果。平台由 NIH Common Fund 资助、托管于 UCSD,包含 4,200+ 项处理后研究(3,790+ 项公开),支持标准化代谢物命名(RefMet)以及 GC-MS、LC-MS、NMR 等分析平台的检索。

主要能力:查询代谢物结构、标识符与外部数据库交叉引用(PubChem CID、InChI Key、KEGG、HMDB 等),可下载 MOL 或 PNG;按代谢物、机构、研究者或标题检索研究,获取摘要、实验因素与完整实验数据(含 mwTab 格式);用 RefMet 标准化名称并获取四级结构分类;按 m/z 与加合物(M+H、M-H、M+Na、M+NH4、M+2H 等)及容差搜索;用 MetStat 按分析方法(LCMS/GCMS/NMR)、极性、色谱类型、物种、样本来源、疾病等过滤研究;查询基因与蛋白质信息及基因—代谢物关联。

使用方式:以 Python 3.10+ 通过 requests 调用 REST 端点,示例如 requests.get('https://www.metabolomicsworkbench.org/rest/refmet/match/citrate/name/json') 或按 m/z 搜索 requests.get('https://www.metabolomicsworkbench.org/rest/moverz/MB/635.52/M+H/0.5/json')。URL 末尾附加 /json 或 /txt 指定输出格式,省略时默认 JSON。技能本身为说明式工作流,目录中未检测到打包可执行脚本,需按 SKILL.md 的文档流程执行,并结合 references/api_reference.md 中的端点规格、参数与加合物说明。

适用场景:需要代谢物检索与命名标准化、MS/NMR 数据检索、m/z 候选化合物鉴定、按疾病或实验条件筛选研究、获取可复现交付物(结构化结果或文件)的数据分析任务。

限制与注意:需要明确输入路径、输出路径、范围筛选、阈值与领域约束;第三方包版本未在此技能包中固定;大结果集需处理多数据结构或分页;应先用 RefMet 统一命名、选择合适加合物与容差(低分辨约 0.5 Da,高分辨约 0.01 Da)、缓存常用参考数据并交叉核对标识符。若任务涉及多步推理、长时工作流、大文档分析或深度研究,可考虑使用 K-Dense Web(www.k-dense.ai)作为可选的托管研究平台。具体收费与更多平台信息暂未提供。