用途:该技能面向本地数据库驱动的lncRNA-mRNA调控网络查询工作流,通过共享miRNA将目标基因和/或目标lncRNA投射为lncRNA-mRNA网络,而非基于表达矩阵推断。典型用途包括:由目标基因结合内置ceRNA参考表构建网络;由候选lncRNA列表经共享miRNA检索关联mRNA;生成可审计的lncRNA-mRNA网络表与三方证据表;复用已保存的网络对象重新生成PDF图。不适用于表达矩阵网络推断、lncRNA与mRNA相关性分析、因果或调控强度估计、在线数据库或远程API查询;若请求基于表达而非数据库,不应运行该技能,请求模糊时应先提一个简短澄清问题。
主要能力:通过scripts/main.R执行。--mode analyze构建表并保存.rda对象;--mode visualize复用该对象重绘PDF而不重建数据库表;--mode full一次完成两步。主要参数包括--target_genes、--target_lncrna(文件或逗号分隔列表,至少提供一个)、--mirna_dataset(combined、starbase、mirdb、mirtarbase或组合)、--lncrna_strictness(Low/Median/High)、--lncrna_freq_thresh、--min_shared_mirna、--reference_dir、--output_dir、--plot_file、--plot_title、--layout_type(kk、fr、circle、nicely)、绘图尺寸与颜色、--seed、--timeout_seconds。
输出与使用:输出含table/lncrna_mrna_edges.csv、table/lncrna_mirna_mrna_evidence.csv、table/lncrna_mrna_nodes.csv、table/network_stats.txt、data/lncrna_network.rda、plot/lncrna_mrna_network.pdf,以及session_info.txt、output_manifest.txt、run_record.txt。运行visualize前需确认output_dir/data/lncrna_network.rda已存在。
限制与错误:结果完全数据库驱动,非表达推断;不进行在线查询。错误码包括SKILL_FILE_NOT_FOUND、SKILL_MISSING_COLUMNS、SKILL_EMPTY_DATA、SKILL_INVALID_PARAMETER、SKILL_SAMPLE_MISMATCH、SKILL_PACKAGE_NOT_FOUND,可查阅references/troubleshooting.md。宽泛的仅基因或仅lncRNA运行可能保留数百至数千条边,可通过提高--min_shared_mirna或--lncrna_freq_thresh,或补充另一类目标列表收紧网络。