用途:该技能用于按 Lipinski 五规则(类药性)筛选小分子化合物库,帮助识别吸收性质可能较差的化合物。适用于需要明确假设、限定范围且输出可复现的数据分析任务,并在输入缺失、执行失败或证据不完整时提供有记录的降级路径。
主要能力:围绕五规则过滤的工作流;打包可执行入口 scripts/main.py;references/ 提供参考规则、提示或清单;结构化执行路径保证输出一致可复核。支持的参数包括 --input(输入 SMILES/SDF 文件路径)、--smiles(单条 SMILES 检查)、--output(通过筛选化合物的输出路径)、--violations(允许的最大规则违反数,默认 1)。
Lipinski 规则:MW < 500 Da;LogP < 5;氢键供体 < 5;氢键受体 < 10。输出为过滤后的化合物列表、规则违反报告和成药性评分。
使用方式: cd "20260318/scientific-skills/Data Analytics/lipinski-rule-filter" python -m py_compile scripts/main.py python scripts/main.py --help python scripts/main.py --input compounds.smi --output filtered.smi python scripts/main.py --smiles "CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O" --check 运行前需确认输入、输出路径、范围过滤条件、阈值及领域约束。
依赖与环境:Python 3.10+;rdkit-pypi 在 requirements.txt 中声明,版本未指明。文档称无需额外 Python 包。脚本本地执行,无外部 API 调用,读写输入输出文件。
适用场景与限制:适合化合物库类药性初筛。执行前须验证请求是否在范围内,超出范围或缺关键输入时应提示仅处理既定工作流并索取缺失输入。不得编造文件、引用、数据或执行结果。当前阶段为 Draft,已知问题暂无;风险涉及代码执行(中)、文件系统访问(中)、网络访问(低)、指令篡改(低)、数据暴露(低)。