用途:直接调用 KEGG REST API 获取通路、基因、化合物、酶、疾病、药物等记录,并支持基因与通路的映射、KEGG 数据库间交叉引用、KEGG ID 与外部数据库 ID 的转换,以及药物相互作用(DDI)查询。注意 KEGG REST 面向学术用途,非学术或商业使用可能需要单独的 KEGG 许可。
主要能力:以 Python 辅助函数封装核心 REST 操作,包括 kegg_info(数据库元数据)、kegg_list(目录列表)、kegg_find(关键词或属性搜索)、kegg_get(条目获取,含序列、结构、图像)、kegg_conv(ID 转换)、kegg_link(跨库链接)、kegg_ddi(药物相互作用)。支持常见标识符格式,如通路 map00010、hsa00010,基因 hsa:10458,化合物 cpd:C00002,药物 dr:D00001,酶 ec:1.1.1.1,KO ko:K00001。kegg_get 可指定输出格式 aaseq、ntseq、mol、kcf、image、kgml、json,其中部分格式仅支持单条目。
使用方式:依赖 Python >=3.9 与 requests >=2.31.0。可从 scripts.kegg_api 导入 kegg_find、kegg_link、kegg_get、kegg_conv 等函数,按需组合调用,例如先按关键词搜索基因,再将基因链接到通路,获取通路条目,最后把 KEGG 基因 ID 转换为 UniProt。kegg_conv 输出为制表符分隔的 source_id 与 target_id 对。
限制:多数操作每次请求最多 10 个条目,image、kgml、json 通常仅允许 1 个条目,建议分批处理。非 200 响应视为失败,常见 400(参数错误)与 404(未知数据库或条目 ID)。KEGG 未公布严格速率限制,应避免高频轮询并加入退避重试。详细端点语法、数据库列表与物种代码可参考 references/kegg_reference.md。