用途：从批量 RNA-seq 或类似微阵列的表达矩阵出发，结合本地免疫 Reactome 基因集表和两组样本分组文件，量化免疫相关通路活性并比较两组间差异。
主要能力：支持 GSVA 与 ssGSEA 评分方法（--method），通过 limma 做两组通路差异分析，输出差异结果、完整评分矩阵、top 通路评分矩阵、基因集汇总、RDS 结果对象和 PDF 热图。支持 analyze、visualize、full 三种模式；当无通路通过 FDR 阈值时，会记录警告并回退为按 |t| 排序。命令行参数可控制基因集大小、FDR 阈值、top 数量、热图外观、排序方式、随机种子等。输出目录含追加式清单与运行记录，便于复现。
使用方式：Rscript scripts/main.R --mode full --input_file ./expression_matrix.csv --group_file ./group_info.csv --geneset_file ./immune_genesets.csv --case_group Case --control_group Control --output_dir ./output/run_001 --seed 42。输入要求：表达矩阵 CSV/TSV，首列为基因标识、其余为样本且值为数值；分组文件需含 sample 与 group 类列名；基因集表为长格式，默认列名 gs_name 与 gene_symbol，可用 --geneset_column、--gene_column 调整。
适用场景：批量表达数据的免疫通路评分与两组差异比较、本地免疫基因集打分、可复现的 CLI 分析。
限制：不适用于免疫细胞组分估计或解卷积、无通路评分的基因差异表达、单细胞聚类/注释/通讯分析，也不用于临床诊断或治疗选择。运行需 R 及相应包；错误码包括文件缺失、列缺失、空数据、参数无效、样本不匹配、包缺失和版本不兼容，详见 references/troubleshooting.md。测试样例位于 tests/data/，其中最小基因集为单元测试夹具，未必可直接与表达矩阵配对使用。