hmdb-database

用途：按常见名称（如 Caffeine）或 HMDB 编号（如 HMDB0000001）查询代谢物条目，提取标准化字段用于下游分析；也可构建本地脚本化流程，从 HMDB XML 数据集中挖掘数据，替代手工浏览网站；并可将 HMDB 标识符映射到 KEGG、PubChem、ChEBI 等外部资源。主要能力：支持按文本名称、HMDB 标识符及解析器支持的结构相关查询搜索代谢物；解析 HMDB XML 数据集并提取化学数据（分子式、分子量、可用的 InChI/SMILES）、生物学数据（通路、酶、转运体）和临床数据（疾病关联、生物流体浓度）；可选将结果整理为表格输出，并提供适合跨库映射的标识符。依赖：Python >=3.9，使用内置 xml.etree.ElementTree，可选 pandas >=1.5。用法：先从 https://hmdb.ca/downloads 下载 HMDB 代谢物 XML 数据集，假设保存为 data/hmdb_metabolites.xml；然后使用脚本中的 HMDBParser 类：from scripts.hmdb_parser import HMDBParser，parser = HMDBParser(xml_path)，再调用 parser.search("Caffeine") 获得结果；可提取字段与 HMDB XML 元素的映射参见 references/hmdb_data_fields.md。限制：结构搜索取决于 HMDBParser 实际索引/暴露的结构字段（如 SMILES/InChI）；单条目查询可走 HMDB 网站，但本技能围绕 XML 解析设计；HMDB 含部分代谢物的 NMR/MS 参考，本技能可扩展关联谱图元数据，但实际谱图匹配/鉴定除非代码库已实现，否则不作保证。其余如收费、平台、具体效果等资料暂未提供。