用途：基于批量表达矩阵（特征为行、样本为列）与样本注释表，生成样本级层次聚类树状图，用于样本 QC、批次检查、样本相似度评估，并验证注释分组是否如预期聚类。触发关键词为层次聚类、树状图、样本 QC、批次检查、样本相似度。不适用于差异表达检验、基因聚类热图、单细胞聚类流程。
主要能力：读取表达矩阵 CSV 与样本注释 CSV，校验文件存在、非空、ID 唯一、表达值数值型；匹配样本 ID 并按注释文件顺序重排矩阵列，选取标签列；转置后以 R 基础 dist() 计算样本间距离，以 hclust() 构建树状图；默认距离为 euclidean、连接方法为 complete；输出 PDF 树状图、样本距离矩阵 CSV、叶序 CSV、匹配样本表 CSV 及会话信息。
使用方式：命令行运行 Rscript scripts/main.R，参数包括 --input_file/-i、--group_file/-g、--output_dir/-o（默认 ./output/）、--distance_method/-d（默认 euclidean）、--linkage_method/-m（默认 complete）、--label_column/-l（默认第二列）、--label_cex/-c（默认 0.8）、--timeout_seconds/-t（默认 300）、--seed/-s（默认 42）。输入要求：表达矩阵首列为唯一特征 ID，样本列须为数值且名称唯一非空，至少两个匹配样本；注释文件首列为样本 ID，需含至少一个元数据列，标签列不得为空，样本 ID 须与矩阵列名完全一致。
限制：仅做样本级层次聚类，不做差异表达、基因聚类热图或单细胞分析；需安装所需 R 包，否则报 SKILL_DEPENDENCY_MISSING；超时可用 --timeout_seconds 调整；常见错误码包括 SKILL_FILE_NOT_FOUND、SKILL_EMPTY_FILE、SKILL_PARSE_ERROR、SKILL_SAMPLE_MISMATCH、SKILL_INVALID_PARAMETER 等，详见 references/troubleshooting.md。收费与价格信息暂未提供。