SuperAPI AI 工具集

heatmap-beautifier

通用与其它

查看项目

更新于 10-15 16:45

技能介绍

用途:对基因表达热图进行专业美化,自动添加行/列聚类树、颜色注释轨道,并智能优化标签布局,适用于需要明确假设、限定范围与可复现输出格式的数据分析任务。

主要能力:自动聚类(基于层次聚类添加行/列聚类树);注释轨道(支持样本分组、基因分类等多种颜色注释);智能标签(自动计算最优字号避免行列标签重叠);内置多种科研配色方案;支持 PDF、PNG、SVG 等导出格式。

使用方式:依赖 Python 3.10+ 及 matplotlib、numpy、pandas、seaborn。安装:pip install seaborn matplotlib scipy pandas numpy。可先验证脚本:python -m py_compile scripts/main.py,再运行 python scripts/main.py --help。输入为 CSV 表达矩阵,首列为基因名、首行为样本名,数据为表达值。可通过 Python 类 HeatmapBeautifier 的 create_heatmap 方法或命令行参数(如 --data-path、--output-path、--cmap、--row-cluster、--col-cluster、--figsize、--dpi、--format)调用。

适用场景:基因表达矩阵可视化、差异表达结果展示、样本分组与基因分类注释。

限制:建议先做 log2 转换或标准化;大数据集(>5000 行)可能耗时较长;行列过多时部分标签会自动隐藏;聚类默认使用欧氏距离与 Ward 方法。收费、价格、平台等信息暂未提供。