用途：面向批量表达数据（bulk RNA-seq 或类芯片数据）做通路级 GSVA 或 ssGSEA 分析，并支持病例组与对照组的通路差异比较（结合 limma），输出差异表、富集分数矩阵与热图；也支持仅从已保存结果对象生成热图。
主要能力：加载 MSigDB 基因集（按物种、category、subcategory 选择），计算每样本通路分数；用 limma 拟合病例-对照比较，输出 logFC、P.Value、adj.P.Val 等；保存完整分数矩阵、按 FDR 与 top_n 筛选的 top 矩阵及可复用 .rda 对象；生成热图 PDF 并支持颜色、缩放、聚类、标签、字体等参数定制。
使用方式：命令行执行，如 Rscript scripts/main.R --mode full --input_file tests/data/expr_matrix.csv --group_file tests/data/group.csv --case_group Tumor --control_group Healthy --species "Homo sapiens" --category C2 --subcategory KEGG --output_dir ./output --seed 42。模式 analyze 做计算，visualize 复用 output_dir/data/GSVA_list.rda 绘图，full 一次完成。方法用 --method 选 gsva 或 ssgsea，gsva 适合每组样本量较大的连续数据，ssgsea 基于秩、对噪声与小样本更稳健。
适用场景：KEGG/MSigDB 通路富集比较、批量样本分组分析、已有 GSVA 结果的热图展示。
限制：不用于基因级差异表达、单细胞聚类或细胞通讯、免疫浸润打分，也不用于临床诊断或患者个体解读。输入矩阵须为 CSV/TSV、基因为行、样本为列且无缺失值，分组文件须含受支持的样本列与分组列且样本名匹配；visualize 模式需先有 GSVA_list.rda，否则报 SKILL_FILE_NOT_FOUND。安装依赖、收费与价格等信息资料未提供。