用途：对按统计量排序的基因列表运行GSEA（基因集富集分析），输出富集表、running-score表与富集曲线图；也可基于已有的enrichGSEA.csv与gsea_running_scores.csv单独绘图，或用示例数据做冒烟测试。
主要能力：支持两种模式——分析模式与绘图模式。分析模式可指定基因列、排序统计量列、基因集类型（KEGG、HALLMARKS、GO_BP、GO_MF、GO_CC）、物种（human、mouse、rat）、显著性阈值、后端（fgsea或DOSE）、大基因集转换分块大小以及预存基因集RDS路径。绘图模式可设置输出路径、尺寸、格式（pdf/png）、按列排序取前N条通路或指定geneSetID、配色、字号、子图布局、NES标注、网格线、坐标轴标题与图例样式等。
使用方式：分析模式示例：Rscript scripts/main.R --input tests/data/sample_deg_results.csv --outdir ./GSEA_analysis --type KEGG --species human --seed 42 --timeout 300。绘图模式示例：Rscript scripts/main.R --running_file ./GSEA_analysis/Table/gsea_running_scores.csv --enrich_file ./GSEA_analysis/Table/enrichGSEA.csv --plot_output ./GSEA_analysis/plot/gsea_plot.pdf --top_n 5 --plot_format pdf --seed 42 --timeout 300。仅传--input时进入分析模式；同时传--running_file与--enrich_file时进入绘图模式，若两组参数都给则绘图模式优先并记录警告。输入CSV至少需含基因列（默认name）与排序统计量列（默认logFC）。输出包括data/GSEA_list.rda、Table/enrichGSEA.csv、Table/gsea_running_scores.csv、plot/目录与session_info.txt；若无富集通过，running-scores文件仍写出但仅含表头。
适用场景：需要基于排序基因列表做通路富集并出图的医学研究流程，以及用已有结果快速重绘曲线。
限制：不用于原始表达矩阵的差异表达分析、单样本ssGSEA、网络分析或多组学整合。常见错误码有SKILL_FILE_NOT_FOUND、SKILL_MISSING_COLUMNS、SKILL_EMPTY_DATA、SKILL_INVALID_PARAMETER、SKILL_PACKAGE_NOT_FOUND、SKILL_ANALYSIS_FAILED；退出码0成功、1失败。算法细节、完整命令与错误修复可查阅对应参考文档。