用途：对 bulk RNA-seq 或 microarray 研究推导出的基因列表进行 GO 与 KEGG 富集分析，并输出合并气泡图。支持的基因 ID 类型为 SYMBOL、ENSEMBL、ENTREZID；支持的物种数据库为 org.Hs.eg.db、org.Mm.eg.db、org.Rn.eg.db。不适用于单细胞 RNA-seq、甲基化、蛋白质组学等非表达组学工作流，也不用于从原始 count 矩阵做差异表达检验。
用法：以 scripts/main.R 为唯一命令行入口，示例命令：Rscript scripts/main.R --feature "TP53,EGFR,BRCA1,MYC" --output_dir ./output --sp org.Hs.eg.db --gene_type SYMBOL --pvalue_cutoff 0.05 --qvalue_cutoff 0.2 --pAdjustMethod BH --seed 66 --go_top_n 3 --kegg_top_n 3 --format pdf。--feature 基因列表可用逗号、中文逗号、分号、制表符或换行分隔，所有分隔符须写在同一个 --feature 参数值内。若省略 --go_input、--kegg_input 或 --outdir，默认使用 output_dir/temp/GO_list.rda、output_dir/temp/KEGG_list.rda 与 output_dir/plot。绘图需结果表至少含 Description 与 p.adjust 列。
输出：temp/GO_df.csv、temp/GO_list.rda、temp/KEGG_df.csv、temp/KEGG_list.rda、plot/gokegg_dot_chart（pdf/png/svg）、plot/gokegg_dot_chart_data.csv、plot/gokegg_dot_chart_data.rda 与 session_info.txt。成功时应核对上述文件后再报告。
参数：含 --feature、--output_dir、--sp、--gene_type、--pvalue_cutoff、--qvalue_cutoff、--pAdjustMethod、--seed、--go_input、--kegg_input、--outdir、--go_top_n、--kegg_top_n 及绘图相关参数（宽高、格式、dpi、颜色、标题、轴标签、点大小、排序、标签宽度、字号、图例位置、边距等）。以 - 开头的 --xlab/--ylab 值应使用 --option=value 语法。
限制：仅三种物种数据库与三种 ID 类型；错误码包括 SKILL_FILE_NOT_FOUND、SKILL_FILE_FORMAT_ERROR、SKILL_MISSING_COLUMNS、SKILL_EMPTY_DATA、SKILL_INVALID_PARAMETER、SKILL_PACKAGE_NOT_FOUND、SKILL_ANALYSIS_FAILED。其余未提供信息暂不确定。